MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Nitrosococcus oceani ATCC 19707 plasmid A

Total Repeats: 158

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007483	CG	3	6	2	7	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_007483	CT	3	6	26	31	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_007483	TCTT	2	8	37	44	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_007483	AGAGG	2	10	84	93	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007483	TGC	2	6	95	100	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_007483	GTT	3	9	159	167	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007483	ATG	2	6	198	203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007483	C	6	6	256	261	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
9	NC_007483	TAG	2	6	1680	1685	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007483	AAAG	2	8	1706	1713	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007483	GCTCT	2	10	1762	1771	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_007483	TCA	2	6	1772	1777	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_007483	ATTA	2	8	1789	1796	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007483	CTC	2	6	1968	1973	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_007483	AT	3	6	1993	1998	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007483	AAGA	2	8	2055	2062	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007483	AT	3	6	2101	2106	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007483	CAA	2	6	2118	2123	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_007483	AATC	2	8	2134	2141	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_007483	GCC	2	6	4028	4033	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_007483	CAA	2	6	4059	4064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_007483	GCC	2	6	4068	4073	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_007483	CGC	2	6	4102	4107	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_007483	CCG	2	6	4136	4141	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_007483	AGCAC	2	10	4149	4158	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_007483	GCGCC	2	10	4220	4229	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
27	NC_007483	ACG	2	6	4327	4332	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_007483	AGA	2	6	4400	4405	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007483	ATTT	2	8	4468	4475	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007483	ATG	2	6	4508	4513	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007483	GA	3	6	4530	4535	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007483	TTC	2	6	5435	5440	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_007483	CTC	2	6	6673	6678	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_007483	TA	3	6	6744	6749	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007483	AG	3	6	6752	6757	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007483	AG	3	6	6774	6779	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007483	AAG	2	6	6820	6825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007483	A	6	6	8126	8131	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007483	AACCTT	2	12	8152	8163	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_007483	GGAA	2	8	9603	9610	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007483	TCA	2	6	9686	9691	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_007483	ATC	2	6	9699	9704	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_007483	ATC	2	6	9731	9736	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_007483	TTC	2	6	9752	9757	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_007483	GTA	2	6	11692	11697	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007483	CT	4	8	11732	11739	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_007483	T	6	6	11741	11746	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007483	CGG	2	6	11813	11818	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_007483	TTTGA	2	10	11971	11980	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007483	GAT	2	6	11982	11987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007483	T	6	6	12000	12005	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007483	TA	3	6	12012	12017	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007483	T	6	6	12023	12028	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007483	GTA	2	6	13601	13606	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007483	AGG	2	6	13658	13663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007483	CTT	2	6	13686	13691	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_007483	AC	3	6	13704	13709	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_007483	TTAAT	2	10	13710	13719	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007483	A	6	6	13751	13756	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007483	ATT	2	6	13774	13779	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007483	CAC	2	6	13780	13785	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_007483	AAT	2	6	14675	14680	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007483	TCA	2	6	14719	14724	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_007483	GC	3	6	14788	14793	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
65	NC_007483	T	6	6	14814	14819	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007483	ATT	2	6	14851	14856	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007483	ATG	2	6	14898	14903	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007483	A	7	7	14918	14924	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007483	GAG	2	6	14957	14962	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007483	GTTG	2	8	16766	16773	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007483	AAT	2	6	18188	18193	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007483	ATA	3	9	18195	18203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007483	TTA	2	6	18204	18209	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007483	ATT	2	6	18212	18217	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007483	GCG	2	6	18326	18331	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_007483	TC	3	6	18981	18986	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_007483	ATT	2	6	19031	19036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007483	AGCA	2	8	19070	19077	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_007483	AAAC	2	8	19102	19109	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_007483	CAT	2	6	19578	19583	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_007483	T	6	6	20550	20555	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007483	ATC	2	6	20823	20828	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_007483	TCA	2	6	20832	20837	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_007483	TCC	2	6	20877	20882	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_007483	TTA	2	6	20982	20987	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007483	ATA	2	6	21007	21012	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007483	AT	3	6	21105	21110	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007483	TA	3	6	21125	21130	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007483	AG	3	6	23353	23358	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007483	CGT	2	6	23556	23561	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_007483	AGCC	2	8	23649	23656	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_007483	ACGG	2	8	23711	23718	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_007483	CAC	2	6	23769	23774	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_007483	CT	3	6	23783	23788	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_007483	GAT	2	6	23814	23819	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007483	ACT	2	6	23904	23909	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_007483	GCT	2	6	23926	23931	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_007483	GT	3	6	23932	23937	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007483	CCG	2	6	23954	23959	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_007483	CTCAA	2	10	23971	23980	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_007483	T	7	7	30251	30257	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007483	ACC	2	6	30348	30353	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_007483	CGG	2	6	30359	30364	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_007483	AC	3	6	30404	30409	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_007483	GCTT	2	8	30419	30426	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_007483	GCC	2	6	30477	30482	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_007483	TCAG	2	8	30487	30494	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_007483	TTGG	2	8	30506	30513	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007483	GCT	2	6	30520	30525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_007483	CAC	2	6	30558	30563	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_007483	GCC	2	6	30586	30591	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_007483	ATT	3	9	30613	30621	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007483	GGC	2	6	30771	30776	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_007483	A	6	6	31830	31835	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_007483	CGGA	2	8	31963	31970	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_007483	CTCGCG	2	12	32021	32032	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
117	NC_007483	AAAG	2	8	32048	32055	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007483	A	6	6	32069	32074	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007483	A	6	6	32107	32112	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007483	ATT	2	6	32119	32124	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007483	TTA	2	6	32128	32133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_007483	T	6	6	32156	32161	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007483	TTGC	2	8	32177	32184	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_007483	CGGC	2	8	32265	32272	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
125	NC_007483	ATG	2	6	32371	32376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007483	CGG	2	6	32425	32430	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_007483	TC	3	6	32485	32490	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_007483	CA	3	6	32559	32564	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_007483	TA	3	6	34290	34295	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_007483	ATA	2	6	34304	34309	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007483	TGG	2	6	35074	35079	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_007483	GAC	2	6	35091	35096	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_007483	GGA	2	6	35118	35123	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_007483	ATT	2	6	36188	36193	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007483	TTA	2	6	36220	36225	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_007483	TTTA	2	8	36616	36623	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_007483	A	7	7	36629	36635	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_007483	T	6	6	36723	36728	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_007483	GAC	2	6	36779	36784	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_007483	TTAAGT	2	12	36787	36798	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_007483	T	6	6	36801	36806	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_007483	GA	3	6	36889	36894	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_007483	GA	3	6	36905	36910	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_007483	AG	3	6	36949	36954	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_007483	AAT	2	6	36957	36962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_007483	CCTT	2	8	36993	37000	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_007483	AGGA	2	8	37031	37038	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_007483	A	6	6	37038	37043	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_007483	GTT	2	6	37841	37846	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_007483	TATTC	2	10	37856	37865	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
151	NC_007483	GT	3	6	37967	37972	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
152	NC_007483	CTT	2	6	38020	38025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_007483	TTC	2	6	38187	38192	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_007483	A	7	7	38490	38496	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_007483	TCT	2	6	38569	38574	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_007483	GCT	2	6	38974	38979	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_007483	AGA	2	6	39057	39062	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
158	NC_007483	CTG	2	6	39078	39083	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.